Naissaar on jo kaukaisessa menneisyydessä ollut Suomenlahden yli Tallinnaan kulkevien laivojen merimerkki. Naissaaren pohjois- ja eteläkärkeen rakennettiin vuonna 1788 ensimmäiset puumajakat. Nykyinen majakka valmistui vuonna 1960.

Alhaalta valkoisen ja ylhäältä punaisen rautabetonitornin korkeus jalustasta on 45 metriä ja valon korkeus merenpinnasta 48 metriä. Naissaaren majakalla oli vielä vuonna 2004 yhtenä viimeisistä paikoista majakanvartija, mutta nyt tämä ammatti on jäänyt historiaan.