Der Nationalpark Matsalu  (48.610 ha) wurde als Vogelschutzgebiet gegründet; durchreisende und hier rastende Zugvögel sollen während Mauser und Bruz´tzeit geschützt werden.

Im Jahr 1976 wurde Matsalu in die Liste der Ramsar-Gebiete eingetragen.
Der Nationalpark umfasst die Bucht Matsalu, den Unterlauf des Flusses Kasari, die Uferröhrichte, die von Überschwemmungen betroffene Aue des Flusses Kasari, Küstenwiesen, Gehölzwiesen und etwa 50 Meeresinseln.

Im Nationalpark Matsalu gibt es eine Vielzahl von Naturlehrpfaden und 7 Vogelbeochtungstürme. 

Das Besuchszentrum des Nationalparks befindet sich in Lihula, im renovierten Herrenhaus Penijõe. Im Naturzentrum kann man eine Ausstellung besuchen und es gibt eine Lehrklasse zur Durchführung von Veranstaltungen zum Thema Natur.