Das an drei Seiten vom Meer umgebene Haapsalu hat seinen Platz auf einem 10,59 km2 großen Landstück gefunden. Die Altstadt befindet sich auf einer Halbinsel mit zwei Osern, die im Nordwesten als Kette der sich ans Festland angeschlossenen kleinen Inseln - den Holmen - fortgesetzt wird. Zwischen den Holmen gibt es seichte Wasserstreifen - Suur und Väike Viik.
Die milieuwerte Altstadt von Haapsalu kann in den mittelalterlichen Teil und das Kurortgebiet vom Anfang des 20. Jahrhunderts eingeteilt werden. Der mittelalterliche Teil umfasst die Gegend der Bischofsburg zusammen mit dem Netz aus den Straßen Kooli, Jaani, Vee, Linda, Rüütli und Väike-Mere und deren Bauwerken. Er ist von einem Streifen der Häuser, die aus der Blütezeit des Kurorts stammen und mit hölzernem Spitzenmuster verziert sind, einschließlich der Promenade, dem Afrika-Strand und den Parks umgeben.