48 610 hehtaarin kokoinen Matsalun kansallispuisto on perustettu suojelemaan pesiviä, sulkivia ja kauttakulkumatkalla olevia lintuja.
Vuonna 1976 Matsalu liitettiin kansainväliseen Ramsarin sopimukseen, jolla suojellaan kosteikkoja ja vesistöjä. Kansallispuisto käsittää Matsalun lahden, Kasarin joen alajuoksun, rantakaislikot, tulvivan Kasarin joen luhdan, rantalaitumet, lehtoniityt ja noin 50 saarta. Matsalussa on paljon luontopolkuja sekä seitsemän lintutornia.

Kansallispuiston vierailukeskus sijaitsee Lihulassa, kunnostetussa Penijõen kartanossa. Luontokeskuksessa on näyttely ja luokkahuone luonto-opetustoimintaan.

.