Kivikirkkoa alettiin rakentamaan vuonna 1866, koska Emmaste kartanon läheinen Sõru puukappeli ei ollut käyttökelvollinen. Tontin uutta kirkkoa varten lahjoitti kartanonrouva kreivitär Brevern de la Gardie.
Pitkittäinen rakennus antaa vaikutelman salikirkosta. Kuorotilan erottaa pitkittäisestä rakennuksesta korkea, mutta suhteellisen kapea voittokaari. Emmaste kirkossa on ainutlaatuinen alttarikuva "Ylösnousemus" - maalauksen tekijänä, kuten vahvistaa merkintä kuvan oikeassa alanurkassa, on Tõnis Grenzstein, Düsseldorfin koulukunnan tunnettu edustaja Viron maalaustaiteessa. Alttarikuva on maalattu vuonna 1900.