Das für die Armen gebaute Neue Siechenhaus wurde nach dem Nordischen Krieg zum Gotteshaus für die schwedische Gemeinde. Während der Sowjetzeit wurde das Gebäude als Sporthalle für Schwerathletik verwendet, die Kirche ist später restauriert und erneut geweiht worden. Zum barocken Altar (Joachim Armbrust) mit Kanzel daneben gehört auch ein einzigartiges Baptisterium (Christian Ackermann, 1680).
Wegen ihrer guten Akustik ist die Schwedische St. Michaeliskirche ein beliebter Ort für die Durchführung von Konzerten. Unter dem Dach der Schwedischen St. Michaeliskirche ist auch das Kirchenmuseum der Küstenschweden Estlands aktiv, das nach vorheriger Absprache für Besucher geöffnet ist.